1996年2月1日，亚太经合组织（APEC）人力资源委员会同国家劳动部（现为人社部）劳动保障科学研究院联合社会各界人士、相关企事业单位和团体在京正式注册登记成立。


1996年10月5日，北京亚太经济合作促进会与北京大学签订协议，共同成立法人事业单位-北京大学亚太教育中心与社会发展研究院（因教育体制改革，该院于2005年撤销）。


2015年2月1日，北京亚太经济合作促进会联合商务部中国国际经济合作促进会、外交部中国太平洋经济合作全国工商委员会以及国内外NGO组织，在雁栖湖APEC国际会议中心共同发起成立亚太商协会联盟。


2015年4月10日，为响应国家“互联网+”号召，北京亚太经济合作促进会同商会通科技有限公司合作共同研制开发“商会通APP”移动互联网管理社交云平台，该平台已于2016年10月正式上线运营。

2016年12月10-12日，由北京亚太经济合作促进会联合商务部中国国际经济合作学会、中国国际民间组织合作促进会、民政部中国社会组织促进会等单位共同主办的“全球商协会会长峰会”在人民大会堂、国家会议中心隆重举办，开启商协会合作新纪元。

2017年11月27-29日，为帮助中小企业深度参与亚太区域经济合作与“一带一路”建设发展进程，北京亚太经济合作促进会、亚太商协会联盟在北京雁栖湖APEC国际会展中心、北京人民大会堂隆重举办“2017亚太经济合作年会暨亚太外交官联谊会”。

2018年11月21日，由北京共识区块链技术发展研究院、北京亚太经济合作促进会共同主办的“2018亚太国际经济合作年会”在北京国际饭店举行。大会以“数字时代的全球共识与共享”为主题。

2019年1月10日，丝路金桥国际智库首期研讨会在京召开，聚焦新时期中国民营企业参与中非合作的机遇和挑战。